De Future Foundation ligt in puin na de Final Killing Game en de onthulling van de ware boosdoener. Terwijl er een wanhopig complot ontstaat van een van de overlevenden om de wereld voor eens en voor altijd van wanhoop te bevrijden, moeten de overgebleven leden van de Future Foundation samenwerken om deze gruweldaad te stoppen. Gelukkig krijgen ze de hulp van een groep onwaarschijnlijke bondgenoten terwijl ze tegen de klok racen om te voorkomen dat hun wereld verandert. In deze finale van de Hope's Peak-verhaallijn van de Danganronpa-serie beginnen de spelers in dit eindeloze doodsspel de ware betekenis achter wanhoop, hoop en verzoening te begrijpen.